长三角野外站对接长三角一体化发展的国家战略，在国家林草局城市生态站的基础上，围绕“全球变化和高强度人类活动双重干扰下生态环境变化演变特点、生态安全格局及可持续发展机制”关键科学问题，以城市区域半自然及人工生态系统的长期动态观测和数据分析为手段，揭示长三角区域尺度污染特征及演变规律，提出区域生态风险预警、安全调控与生态系统服务功能提升策略，实现从源头控制、过程阻断到末端治理一体化的区域环境修复与综合治理，为长三角区域可持续发展生态环境理论技术创新提供强大支撑，服务长三角一体化国家战略和美丽中国建设。

2008年，农业部都市农业（南方）重点开放实验室成立。2010年，农业部对重点实验室重新布局、遴选，上海交大继续承担实验室建设任务，并更名为农业部都市农业（南方）重点实验室。2017年，农业部调整强化“十二五”已建设命名的学科群和“十三五”新增的学科群，上海交通大学获批为全国十家重点实验室的牵头单位，承担都市农业学科群综合性重点实验室（更名为农业部都市农业重点实验室）的建设任务。

科技部中美食品安全联合研究中心于2008年5月12日在上海交通大学揭牌成立。这一联合研究中心的成立，是基于中国科技部和美国农业部签署的中美农业科学技术合作框架中关于食品安全合作研究的重要内容，由我校和美国农业部东部研究中心及普渡大学合作建立，其目的是围绕中美两国食品生产和贸易中面临的共同食品安全问题，开展食品安全相关的合作科研和人才培养，并将研究成果运用于食品生产加工技术的改进之中，以保障食品的安全与营养。

上海食品安全工程技术研究中心，是由国家科技部和上海市政府共同推动，在上海建立全国首家食品安全工程技术研究中心，并经上海市科委批准于2006年11月正式成立。中心依托上海交通大学，以应用为导向，致力于为我国食品安全主动保障体系建设，提供关键技术支撑、工程化应用和社会化服务。

实验室始建于1990年，1992年通过验收，是上海市建立的首批重点实验室之一。实验室的定位是立足上海、放眼全国，面向动物产业，围绕遗传与繁育、营养与饲料、卫生与防疫等领域的生物技术，加强基础与应用基础研究，突出特色，注重成果转化及人才培养。建设目标是把实验室建成动物疾病防控、遗传繁育以及饲料生产的高新技术研究基地和成果转化基地。

上海城市森林生态系统国家定位观测研究站（简称：上海城市森林生态站）隶属于国家林业和草原局国家陆地生态系统定位观测研究站网（CTERN），技术依托单位为上海交通大学，建设单位为上海市林业总站，是我国城市森林国家创新联盟理事单位、城市森林生态监测研究联盟总部单位、上海市生态学会科学种子依托单位、上海交通大学本科专业实习基地、国家林草局长期科研基地、国家陆地生态系统定位观测研究站网优秀台站（2022）。